После окончания школы Мария Шалаева поступила во ВГИК на актерский факультет и начала сниматься уже на первых курсах. Дебют состоялся в 2000 году с небольших ролей в сериале «Убойная сила» и короткометражке «Тяжелая работа старых мойр». Настоящую известность актрисе принес фильм «Маша» режиссера Сергея Ткачева, вышедший в 2005 году.

В 2007 году Мария Шалаева сыграла главную роль в фильме «Русалка» Анны Меликян, где впервые появилась обнаженной. Обнаженные сцены с ее участием также присутствуют в картинах «Одиссея 1989» (2003) и «Скорпион на ладони» (2013).