После окончания школы Кристина Бабушкина поступила в Иркутское театральное училище, а затем в Школу-студию МХАТ в Москве. На втором курсе начала выступать на сцене Театра Олега Табакова, где училась у самого актера. По окончании вуза она была приглашена в театр имени Чехова.

В 2005 году Бабушкина получила первую главную роль в сериале «Примадонна». Этот дебют положил начало её профессиональной актёрской карьере в Москве.